Il genoma del giaguaro è stato ricostruito per la prima volta in modo completo, aprendo nuove possibilità per la sua conservazione. L’evento, reso possibile grazie a un lavoro internazionale, ha prodotto un genoma di riferimento ad alta qualità, con il 99,85 per cento della sequenza assegnata ai cromosomi e 25.267 geni che codificano proteine identificati. Questo risultato, ottenuto da un gruppo di ricerca guidato da Toni Gabaldon, rappresenta un passo avanti per comprendere meglio la specie e proteggerla da minacce come la perdita di habitat e le attività umane. Il giaguaro, classificato come “quasi minacciato” nella Lista rossa dell’IUCN, è il più grande felino delle Americhe e la sua popolazione è in declino.
Un genoma completo per studiare la diversità genetica
Il genoma ricostruito, basato su campioni argentini, è il primo ad essere stato assemblato a partire da materiale proveniente da Tango, un esemplare maschio. Le precedenti ricostruzioni erano frammentate, ma il nuovo lavoro ha migliorato la continuità e l’organizzazione a livello cromosomico. Questo ha permesso di identificare una serie di geni e di comprendere meglio la struttura genetica della specie. La sequenza di riferimento è un elemento fondamentale per confrontare i dati ottenuti da altri individui e studiare la variabilità genetica tra le popolazioni.
La sequenza di riferimento è un elemento chiave per la conservazione.
Attraverso il confronto tra il genoma di Tango e le sequenze di altri individui, i ricercatori potranno esaminare la struttura genetica delle popolazioni di giaguaro e produrre informazioni utili per definire strategie di conservazione. L’approccio utilizzato, che combina dati di sequenziamento ottenuti mediante letture corte e lunghe del DNA con dati pubblici prodotti attraverso la tecnica Hi-C, ha permesso di migliorare l’annotazione dei geni e di soddisfare gli standard dell’Earth BioGenome Project.
Un lavoro in collaborazione tra scienziati e istituzioni
Lo studio è stato realizzato grazie alla collaborazione tra il Centro nazionale di analisi genomica spagnolo (CNAG), l’Institute of Biology and Experimental Medicine (IBYME-CONICET) argentino e altri centri di ricerca. Il materiale sequenziato proviene da Tango, un esemplare maschio, e la sua sequenza è stata utilizzata per creare un genoma di riferimento ad alta qualità. Il lavoro è stato condotto con il contributo dell’unità diretta da Marta Gut e del gruppo di assemblaggio e annotazione del genoma guidato da Tyler Alioto.
La collaborazione internazionale ha reso possibile il successo del progetto.
Il ricercatore inquadra il lavoro nell’approccio One Health, che considera congiuntamente la salute delle persone e quella degli ecosistemi. La provenienza argentina dei campioni è un elemento rilevante per le successive indagini sulla specie in Sudamerica. “Questo è il primo assemblaggio del genoma del giaguaro generato a partire da campioni argentini e fornisce una risorsa genomica particolarmente preziosa per studiare la diversità genetica di questa specie, fondamentale per l’ecosistema sudamericano”, spiega Patricia Saragueta, autrice dello studio presso l’IBYME-CONICET.
Il genoma di riferimento non descrive, da solo, la diversità genetica dell’intera specie, ma costituisce la base con cui confrontare le sequenze di individui provenienti da popolazioni differenti. Attraverso questi confronti, le ricerche successive potranno esaminare la struttura genetica delle popolazioni di giaguaro e produrre informazioni utili alla definizione di strategie di conservazione. “Gli studi in corso che utilizzano questo genoma di riferimento stanno già fornendo nuovi dati sulla struttura genetica delle diverse popolazioni di questo importante predatore”, conclude Gabaldòn.
